“Unknown” adalah musuh misterius yang tiba-tiba muncul sejak lama. Sebagai tindakan balasan, “Evolutionary Railway Development Agency” (ERDA) telah mengembangkan robot “Shinkalion” yang berubah menjadi kereta peluru, untuk bersiap menghadapi ancaman tersebut.
“Aku ingin menjadi orang keren yang bisa melindungi sesuatu…” Taisei Oonari, siswa SMP kelas dua, pindah ke SMP Shinkai Gakuen untuk mencari petunjuk tentang kakak perempuannya yang menghilang dua tahun lalu.
Tepat saat itu, Unknown muncul untuk pertama kalinya dalam 10 tahun. Taisei kebetulan memiliki nilai bakat yang tinggi sebagai pilot Shinkalion, dan terpaksa membuat keputusan untuk melawannya. Apa sifat sebenarnya dari Unknown dan apa tujuannya? Apa kebenaran yang terungkap di akhir pertarungan? Kisah tekad dan pertumbuhan anak laki-laki itu dimulai sekarang.
